כבר בזמן שהיה מפקד אוגדה, וגם לאחר שמונה לאלוף פיקוד המרכז, זכה ניצן אלון לביקורת לא מעטה מקרב גורמים רבים בהתיישבות. היד הקשה שהפעיל כלפי מאחזים ופעילים בהתיישבות, לצד ההפקרות הבטחונית המתפתחת בזמן כהונתו ומדיניות ההכלה אותה הוא מנהיג, עוררו את חמתם של רבים.
אולם בחג הסוכות האחרון, לצד ביקורים בסוכות רבנים ואיש ציבור שונים, זכה אלון בתעודת הוקרה דווקא ממי שיצא נגדו בחריפות רבה במיוחד – ראש המועצה האיזורית שומרון גרשון מסיקה. אלון התארח בסוכתו של מסיקה לצד רבנים מהשומרון ואנשי המועצה, ואף קיבל תעודת הוקרה, זאת בזמן שישיבת עוד יוסף חי ביצהר עדיין כבושה מכח צו שהוציא, והריסות הבתים במעלה רחבעם, יצהר, וישובים נוספים טרם שוקמו.
רק לפני שנה וחצי קרא מסיקה לפטר את אלון לאלתר, תוך שהוא לא חוסך במילים. בראיון לקול היהודי שנערך לאחר רצח אביתר בורובסקי הי"ד בצומת תפוח, הדגיש מסיקה כי אלון אחראי להפקרות הבטחונית. "הוא לא מבין את המטריה. פיקוד מרכז זה לא מקום שמפעילים בו מדיניות. הוא צריך להיות מפקד צבאי שהפקודה שלו לחסל את הטרור והוא לא מבין את זה - כנראה יש לו בעיה נפשית", אמר אז מסיקה. "מכיון שיש לו בעיה נפשית להכיל את הדבר הזה לדעתי הוא לא ראוי להיות פה ולכן צריך לבקש מהדרג המדיני להגיד לו תודה רבה, היית חייל מצטיין בכל מיני יחידות אבל תפקיד כאלוף פיקוד המרכז עם הרגישויות שלו, לא מתאים לך".
יש לציין כי דווקא בישוב גינות שומרון הביעו תושבים מחאה על הגעתו של אלון לביקור בישוב. לקול היהודי נודע כי בעקבות המחאה, שכללה חלוקת פלאיירים, הוחלט שלא לארח את אלון בסוכת אחד מבתי הכנסת בישוב בו היה אמור להתארח, והביקור עבר למקום אחר.
מהמועצה האיזורית שומרון נמסר בתגובה לדברים: "אנו מקפידים לפגוש ולארח דרגים שונים במערכת הצבאית והממשלתית. קל וחומר בסוכה בחול המועד. לעיתים יש מחלוקות לפעמים גם קשות. לעיתים יש הסכמות. זהו תפקידנו וחובתנו למען פיתוח ההתיישבות. בפגישה המדוברת השתתפו רבנים מהשומרון וכן קציני צבא בראשות האלוף".
אני קורא לכל מי שיש לו הו"ק למוסדות ישיבת אלון מורה לבטלם בהקדם 9 ב' חשון תשע"ה 10:11 יובל
??? 8 א' חשון תשע"ה 23:22 יהודי
תגובה 7 ל' תשרי תשע"ה 14:51 נחמן
חברה עם כל האמת של מה שכתוב פה יש דברים משמחים 6 ל' תשרי תשע"ה 14:03 מתן
זה אותו רב שאמר לעשות עונש מוות ליהודים... 5 ל' תשרי תשע"ה 12:28 אלעד
"מנהיגי ההתיישבות" הם אנשים קטנים ורופסים 4 ל' תשרי תשע"ה 10:14 ירמי
ביזיון, תתביישו 3 ל' תשרי תשע"ה 10:11 אלדר
בושה וכלימה! לפטר את מסיקה! 2 ל' תשרי תשע"ה 09:33 רן
מסיקה נותן גיבוי להמשך מסעי ההרס 1 כ"ט תשרי תשע"ה 21:07 מאוכזב