בקבינט המדיני-בטחוני התגלע ויכוח בין ראש הממשלה ושר הביטחון לבין שר החינוך בנט בנוגע להתמודדות הצבאית מול מנהרות חמאס, כך על פי חשיפת כתב ערוץ 2 עמית סגל אמש במהדורה המרכזית.
השר בנט הציע שישראל תפתח במבצע צבאי יזום לחיסול מנהרות הטרור של חמאס, בעוד נתניהו ויעלון התנגדו לפעולה יזומה, לפחות בשלב זה.
חשיפת הסיפור בערוץ 2 עוררה את זעמו של ראש הממשלה. מלשכתו נמסר לערוץ 2: "אנחנו לא מתייחסים לדיוני קבינט בכלל ותכניות מבצעיות של צה"ל בפרט. כדאי שכל השרים יגלו אחריות ולא ינסו לקושש קולות בתדרוכים פוליטיים שטחיים, שאינם משקפים את הדיונים המעמיקים והאחראיים בקבינט".
עימות כמעט זהה היה סביב סוגיית המנהרות ב'צוק איתן'. אחרי המבצע תקף בנט את חבריו לקבינט שהססו לחסל את המנהרות זמן רב, דבר שעלול היה להביא לתוצאות הרות אסון. גם אז בנט הותקף מכיוון שלכאורה הדליף מידע שאינו אמור להתפרסם מתוך דיוני הקבינט.
