בזמן ההתפרעויות בירושלים שהובילו כעבור ימים בודדים לפתיחת מבצע 'שומר החומות', אוטובוסים שארגנה העמותה הובילו מוסלמים מאזור הצפון להר הבית כדי "להגן על אלקצא מפני המתנחלים", כלשון העמותה.
משטרת ישראל הבינה שמהלך זה עלול להלהיט את הרוחות בירושלים, והחליטה להציב חסימות בכביש 1 לירושלים כדי לעצור תנועת המוסלמים להר הבית. בתגובה, המוסלמים ירדו מהאוטובוסים, חסמו את כביש ירושלים-תל אביב למספר שעות והחלו לצעוד ברגל להר הבית.
זו איננה הפעם הראשונה שעמותת "אל אקצה" נתפסת בפעילות המסוכנת לביטחון המדינה.
משנת תשס"ז ועד שנת תשע"ה, קיבלה העמותה 12.5 מיליון ₪ מקרנות בחו"ל, המממנות את חמאס.
בשנת תשע"ה, החרים משרד הביטחון את כל הכספים בחשבון הבנק של העמותה כמו גם רכוש של העמותה, בשל קבלת הכספים מקרנות חמאס שהוצאו מחוץ לחוק בישראל..
גלעד אך, מנכ"ל ארגון "עד כאן" מסר בתגובה כי: "אסור לנו לסכן את עתיד המדינה דרך העברת תקציבי עתק לגורמי טרור דרך הדלת האחורית של התנועה האסלאמית. אנחנו מקימים באופן מידי צוות חקירה מקצועי שיעקוב אחר הכספים שעוברים לרע"ם ולתנועה האיסלאמית מהמיסים של כולנו וקוראים לציבור לתת כתף. רק כך נוכל להציל את מדינת ישראל".
