כיבוש רפיח וציר פילדלפי הפך לצומת הדרכים המשמעותי ביותר בלחימה מול חמאס. מצד אחד לכולם ברור שלא יהיה ניצחון, ואפילו לא הכרעה של חמאס בלי כיבוש רפיח, שם ישנם 4 גדודים של חמאס, וציר פילדלפי המשמש כצינור החמצן של החמאס, מצד שני מאזן האימה מול פעילות צבאית ברפיח רק הולך וגדל, כשמצרים מצידה איימה כי פעילות צבאית ישראלית ברפיח ובציר פילדלפי עלולה לגרום לסכסוך צבאי מול צבא מצרים, שנחשב לצבא גדול ומצוייד היטב. בפרק השני בסדרת "תיק עזה" (שיופיע בכמה חלקים) נלמד על הנסיגה מציר פילדלפי ואיך הגיע הצבא המצרי לעמדת איום שיכולה לסכן את ישראל.
ציר פילדלפי הוקם אחרי הנסיגה מסיני על קו הגבול החדש בין עזה(שנשארה בשלטון ישראלי) לסיני.כהמשך לקו הגבול שהיה בין ישראל למצרים לפני מלחמת ששת הימים. הגבול החדש חצה את העיר רפיח לשניים וסמוך אליו נבנה אותו "ציר פילדלפי" המאבטח את קו הגבול. בהסכמי השלום עם מצרים נקבע, כי סיני יהיה "אזור מפורז" ללא נוכחות צבאית, ולכן על ציר פילדלפי מהצד המצרי היו רק אנשי משטרה והאחריות הביטחונית הייתה על ישראל.
מנהרות בציר פילדלפי, שהפריד למעשה את העיר רפיח לשני חלקים שונים אך קרובים מאוד אחד לשני, הם לא דבר חדש: כבר בסוף שנות ה-80 חשפו המצרים מנהרות שנועדו בעיקר להברחת סחורות מישראל, שהיו מצויות בשווקי עזה, לסיני ומצרים. בכתבה שמספרת על בניית הגדר בחוף רפיח אפשר ללמוד גם על החשש המרכזי שהעסיק את ישראל באותם ימים בציר פילדלפי: הברחות פליליות של סמים ואמל"ח. אבל הסכם אוסלו טרף לגמרי את הקלפים.
השטח שמצפון לציר עבר לשליטה ביטחונית של הרשות הפלסטינית, כשהציר עצמו הפך לרצועת ביטחון צרה ובלתי אפשרית להגנה של ברוחב עשרות מטרים לאורך קילומטרים סמוך מאד לשטח בנוי בשליטת אויב וחשופה לפיגועים קשים. מנהרות הלכו ונחפרו דרכם הועברו אמצעי לחימה מרפיח המצרית לצידו השני של הכביש, ברפיח של הרשות הפלסטינית. דרך זו הפכה למקור אמצעי הלחימה של ארגוני הטרור בעזה באינתיפאדה ה-2. בניגוד ליהודה ושומרון, שם בעקבות מבצע "חומת מגן" חזר צה"ל לפעול בשטחי הרשות הפלסטינית, מבצע "חומת מגן" לא הגיע לרצועה. צה"ל כמעט ולא נכנס לשטחי A שם, וארגוני הטרור שפעלו בערי המקלט נהנו מחסינות שאפשרה להם להמשיך להתחמש, לשכלל את אמצעי הטרור ולפעול יחסית בחופשיות.
ציר פילדלפי, שהיה האצבע בסכר, הפך בעידן של אחרי אוסלו למוקד של פיגועים קשים. כשהצבא נאלץ להתבצר במגננה במציאות בלתי אפשרית החיילים היו חשופים לירי צלפים ונ"ט מהבתים ששלטו על הציר. השיא היה באסון הנגמ"ש(מאי 2004), כאשר נגמ"ש ועליו כוח שעסק באיתור והשמדת מנהרות נפגע מטיל נ"ט. הנגמ"ש שהיה עמוס בחומרי נפץ התפוצץ וחמשת אנשי הצוות נהרגו. חבריהם של החיילים מהנגמ"ש נאלצו לזחול ולגשש על ברכיהם בכדי לנסות ולאתר חלקים מגופות הנרצחים. האסון הנורא, שהתרחש יממה אחרי אסון דומה בשכונת זייתון בצפון הרצועה, ותמונת החיילים על ברכיהם מחפשים שרידים מחבריהם, הפכו לגורם לחץ פסיכולוגי מרכזי בציבור הישראלי לסגת.
אחרי אסון הנגמ"ש יצא צה"ל לראשונה למבצע צבאי בעיר רפיח. אך המבצע שנקרא "קשת בענן" היה כבר תחת הידיעה שיוצאים מעזה, ולאף אחד לא הייתה כוונה לכבוש את רפיח כפי שעשו בשכם ובג'נין.
בתדרוך לעיתונות צוטט "גורם בכיר במטכ"ל" שאמר כי הסיבה למבצע היא הצלחת המחבלים להבריח לרצועת עזה דרך המנהרות כמות גדולה של אמצעי לחימה וטילי נ"ט תקניים שלא היו להם בעבר, ושבמצרים מחכים משלוחים נוספים ובהם טילי נ"מ ורקטות. "בכל פעם שנדע כי בשטח נחפרת מנהרה - ניכנס פנימה" הצהירו קצינים בפיקוד דרום. במציאות המקבילה - שרון דהר לצאת החוצה, כשהוא רומס את משאל מתפקדי הליכוד שהתקיים בתחילת אותו חודש.
בממשלה התקשו להסביר מה התכלית האסטרטגית של המבצע ברפיח, כאשר מתוכננת נסיגה חד צדדית: "המאמץ לגלות ולשתק את בתי הייצור של אמצעי החבלה ולחשוף את המנהרות ונתיבי ההברחה של נשק ותחמושת לרצועה, הם חלק מן המערכה המתמשכת נגד ארגוני הטרור. המערכה הזאת איננה תלויה בתוכנית מדינית כזאת או אחרת. היא תימשך בכל מקרה וללא הגבלה" נאם שר הביטחון מופז, אבל גם הוא ידע שאין לדברים משמעות. מופז האשים את "ההנהגה הפלסטינית שבחרה באלימות" ובאותה נשימה הכריז שהוא תומך בנסיגה חד צדדית "כי איננו יכולים לחכות שתתחלף ההנהגה הפלסטינית".
המבצע בעזה לווה גם בלחץ אדיר בזירה הבינלאומית ומצד ארגוני שמאל ישראלים שהפגינו נגד פעילות צה"ל והפיצו תמונות של בתים שצה"ל הרס תוך כדי הפעילות המבצעית. בצה"ל רצו להרחיב את הציר האסטרטגי ואולי אף לכרות תעלת מים, כדי להפוך את מלאכת כריית המנהרות מקלה ביותר לאירוע לוגיסטי מורכב אך לשם כך היה צריך לפנות תושבים רבים מרפיח. הרש"פ הזדעקה, יוסי שריד הגדיר את התוכנית "פשע מלחמה", בצלם הכריזו על התוכנית כ"בלתי חוקית" והיועמ"ש מני מזוז "הסתייג נמרצות מהתכנית בשל הפגיעה הנרחבת הכרוכה ביישומה בתושבי מחנה הפליטים רפיח". התוכנית לא יצאה לפועל. כעבור מספר חודשים אירע בציר פיגוע משמעותי נוסף במוצב הצפוני (מוצב JVT). מחבלי חמאס חפרו מנהרה מתחת למוצב ופוצצו אותה תחת המוצב שקרס, 5 חיילים נהרגו. המנהרה נחפרה לאורך 600 מ', והטמינו בה 1,300 ק"ג חומר נפץ.
ביוני 2004 צה"ל פרסם מכרז דחוף לחפירת "תעלה בדרום רצועת עזה". "התעלה תשלב טכנולוגיות מתקדמות ביותר כדי לוודא שלא חופרים מתחתיה" צוטט ב-nrg קצין בפיקוד דרום. הפרשנים הסבירו שהרעיון של התעלה נועד למצוא פתרון להברחת אמל"ח לרצועה אחרי ביצוע ההתנתקות. מהר מאד הבהיר ראש הממשלה דאז אריאל שרון, בישיבת הממשלה, כי התעלה לא תיחפר אלא באישור של מצרים. התעלה לא נחפרה. סביר להניח שמצרים העדיפה לקבל את האישור להכנסת כוחות צבא לסיני מאשר להתנדב ולהסכים לשרון לחפור תעלה בציר פילדלפי.
כחצי שנה לפני ביצוע תכנית ההתנתקות, זמן רב אחרי החלטת הממשלה על ביצוע התכנית, עוד לא גיבשה הממשלה אסטרטגיה בנוגע ל"ציר פילדלפי" – הסוגייה הביטחונית הכי משמעותית בהשלכות ההתנתקות. ראש השב"כ דאז אבי דיכטר יצא בפומבית נגד הרעיון של נטישת ציר פילדלפי "נקבל דרום לבנון בדרום ישראל". גם הרמטכ"ל יעלון וראש המל"ל התנגדו. העיתונאי בן כספית ידע לספר ש"ראש הממשלה תומך עקרונית ביציאה מציר פילדלפי, אך קיבל בשלב זה את עמדת מערכת הביטחון להישאר בציר פילדלפי", אך גם ציטט "גורמים צבאיים בכירים" על כך ש"הכדור בידי המצרים". "אם ישכנעו שכוונותיהם בנושא פילדלפי רציניות, אפשרי בהחלט שישראל תחליט לצאת מהציר ולהניח למודיעין המצרי ולשירותי הביטחון המצריים להילחם במכת ההברחות".
אל מול האזהרות הביטחוניות עמד לחץ אמריקאי ואיום משפטי: צמרת משרד המשפטים קבעה כי מבחינה בינלאומית רק פינוי הציר הדרומי ייחשב כסיום הכיבוש. הגורם המדיני שצוטט אצל בן כספית הסביר שחשוב מאד לצאת מציר פילדלפי, כי כך "ישראל תגרוף נקודות רבות במישור המדיני".
למרות האזהרות הביטחוניות של ראש השב"כ והרמטכ"ל, מאחורי הקלעים חתרו מופז ושרון לנסיגה מציר פילדלפי. במרץ 2005 נפגש שר הביטחון מופז עם נשיא מצרים מובארק. הפגישה עסקה גם בהחזרת הערים ביהודה ושומרון שנכבשו ב"חומת מגן" לידי נשיא הרשות הפלסטינית החדש - אבו מאזן, אבל לפי הפרסומים הפגישה עסקה גם בציר פילדלפי שמצרים היתה מעוניינת כי ישראל תיסוג ממנו, לאחר הפגישה כבר אמר כי "אם ייפסקו ההברחות בציר פילדלפי ניסוג ממנו".
