בעקבות כניעת הממשלה לדרישות המפלגות החרדיות וביטול רפורמת הגיור, הכריזו מספר רבנים בציונות הדתית, על הקמת רשת בתי דין חדשה לגיור תחת השם "גיור כהלכה". ביו הרבנים היוזמים: הרב נחום רבינוביץ' ראש ישיבת ההסדר במעלה אדומים, הרב דוד סתיו, ראש ישיבת הר עציון הרב יעקוב מדן, וראש ישיבת עתניאל הרב ראם הכהן.
ברבנות הראשית שמרו על שתיקה ולא הגיבו למהלך, אך רבנים אחרים בציונות הדתית כבר יצאו כנגד המהלך. בראיון לערוץ 7 הסביר הרב חיים דרוקמן: "אני חושב שגיור חייב להיות במסגרת הרבנות הראשית, כשמקימים גוף אלטרנטיבי יהיו כאלה שיעשו את הדברים על פי ההלכה, ויהיו כאלה שיעשו זאת שלא על פי ההלכה".
לטענת הרבנים הגיור כולו יעשה על פי ההלכה, אלא שבמערכת הקיימת כיום לא עושים מספיק מאמץ להנגיש את הגיור לציבור הרחב. ראש ארגון "רבני בית הלל", הרב רונן נויוירט, כתב בעמוד הפיסבוק שלו: "אני מאמין שמערך הגיור החדש ישפר את איכות הגיורים, ויפתח פתח לרבים אשר מהססים להתגייר במסגרת הרבנות.גיור הקטנים בפרט ישפר את היחס השלילי שבין כמות המתגיירים לבין מספר התינוקות הלא יהודיים הנולדים לאוכלוסיה זו בכל שנה".
רבים מהרבנים התומכים במהלך, מסבירים את הצורך בפתיחת בתי הדין בחשש שהתרבות אינם יהודים במדינה עלול להביא לנישואי תערובת. במאמר שעלה באתר כיפה כתב הרב יובל שרלו, כי "המציאות של מאות אלפי ישראלים שחיים כחלק מהחברה הישראלית אך אינם יהודים על פי ההלכה, יוביל להגדלת מספר נישואי התערובת. התעלמות מהנושא מהווה פגיעה אנושית באנשים הגרים בתוכנו, וסכנה ללכידות החברה הישראלית".
לדברי הרבנים שהקימו את מערך הגיור החדש, לא מדובר בתחרות או במרד כנגד הרבנות הראשית, אלא בניסיון לתת מענה לאנשים שלא הצליחו להסתדר עם המערכת הקיימת כיום, והם קוראים לרבנות הראשית להצטרף למהלך.
הרב יעקוב אריאל רבה של רמת גן, מהמתנגדים למהלך אמר: "מוסד הרבנות הואהקובע מי יהודי ומי לא יהודי, מי שיפורר את המסגרת הזו,מהווה סכנה חמורה ביותר לעם ישראל". הרב אריאל ציין כי הוא לא מבין את תלונתם של מקימי בית הדין האלטרנטיבי, "בתי הדין שעוסקים בגיור מטעם הרבנות הראשית כבר מתחו את החבל עד לקצה האחרון, אי אפשר למתוח יותר".
בציבור החרדי קיימת התנגדות למהלך מקיר לקיר. באתר כיכר השבת התפרסמה שיחה עם יו"ר הועדה הרבנית לענייני גיור הרב נחום אייזנשטיין שתקף בחריפות את המהלך ואמר כי "אותם רבנים צריכים להתבייש".
לדברי הרב אייזנשטיין: "זו עובדה שאנחנו יודעים, שצריכים המון כוחות כדי לבדוק כל מתגייר, וגם במערכת הרבנות הקיימת לצערנו הרב, רוב רובם לא שומרים שבת כדבעי, והרי הם לא רוצים לשפר את זה אז איך הם רוצים לשפר את מערכת הרבנות?".
"הרבנות הראשית וכל כלל ישראל צריכים להתנגד לכך" אומר הרב, אך מבהיר כי "אנחנו החרדים לא צריכים לחשוש מכך כי אנחנו לא נכיר בהם. אמנם אנחנו דואגים לכלל ישראל ולא רק לחוג הקטן. לנו יש את בתי הדין שלנו, אבל כל ישראל ערבים זה לזה ויש לנו אחריות".
