לפני כ-14 שנים, לאחר שמשרד הבריאות סירב להכיר אוטמטית בתעודות שחילקה האוניברסיטה הפועלת ביישוב אבו דיס שממזרח לירושלים תחת הרשות הפלסטינית, הוגשה עתירה לבג"ץ בדרישה להכיר בתעודה. שופט העליון סולברג דחה אז את העתירה וקבע כי המדינה לא חייבת להכיר באונ' הפלסטינית כאוניברסיטה בחו"ל: "מדינה ריבונית איננה יכולה להכיר במוסדות הפועלים בבירתה כמוסדות חוץ", קבע סולברג.
שנתיים לאחר מכן הורה בית המשפט המחוזי בירושלים לאפשר לאותם רופאים בוגרי אלקודס לגשת לבחינת ההסמכה הממשלתית לרפואה.
השופטת נאוה בן אור קבעה ש"אל מול השיקול לפיו לומדים העותרים בבית ספר הנמצא אמנם בשטחי הרשות הפלסטינית, אולם מהווה חלק מאוניברסיטה הפועלת גם בתחומה הריבוני של מדינת ישראל… עומדת זכותם של העותרים לחופש העיסוק. המדובר בעותרים שהם תושבי קבע בירושלים, והפגיעה בהם היא פגיעה קשה, מהותית ומתמשכת בזכות יסוד. לכך מצטרף שיקול נוסף והוא השיקול עליו אין חולק, כי מערכת הבריאות בכלל, ובפרט זו שבמזרח ירושלים, זקוקה עד מאוד לרופאים דוגמת העותרים".
מהאוניברסיטה שיושבת באבו דיס ומפוקחת על ידי המל"ג הפלסטיני - יצאו במהלך גל הטרור לפני עשור מספר מחבלים, ומתקיימות בה פעילויות של ארגוני טרור שונים. לאחרונה תפס צה"ל במקום חומריהסתה רבים של חמאס
לפני שנתיים פרסמנו בקול היהודי סרטון מטקס הסיום של הפקולטה לרפואה באוניברסיטת אל קודס שבשכונת אבו דיס במזרח ירושלים. בסרטון נראים הרופאים הטריים שסיימו זה עתה את חוק לימודיהם, כשהם שרים שירי הלל למחבל – הרופא מג'נין, עבדאללה אחמד אבו תין.