זמן קצר אחרי מלחמת השחרור הוטבע המונח "נכבה", אסון, לכינוי הניצחון המהדהד של היישוב היהודי בארץ ישראל שהפך למדינה על האוכלוסייה הערבית שזכתה לגיבוי של צבאות ערב משבע מדינות. ספרים ומאמרים רבים שכתבו באותן שנים היסטוריונים ערבים עסקו בשאלה מה גרם להפסד הצורם של ערביי ארץ ישראל.
בנרטיב הערבי הערבים שעזבו את בתיהם מתחלקים ל"פליטים", שהם מי שעזבו אל מחוץ לשטח שכבשה ישראל כבשה והקימו מחנות פליטים, אם ברצועת עזה, שהייתה תחת שלטון מצרים, אם בגדה המערבית, בשטחי יהודה ושומרון שהיו תחת השלטון ירדן, כמו מחנות הפליטים המוכרים לנו מג'נין, טולכרם, שכם, בית לחם וכו', אם בגדה המזרחית, וגם בלבנון, בסוריה ועוד. רוב התושבים במחנות הפליטים שמרו בכל השנים על "זהות פלשתינית" כדי לשמר את המאבק בישראל על "זכות השיבה", וקיבלו למטרה זו סיוע מהאו"ם באמצעות אונר"א.

הקבוצה השנייה של הערבים שעזבו את בתיהם כונתה "עקורים", והם מי שנטשו את בתיהם במלחמה ועזבו ליישובים ערביים אחרים, ולאחר המלחמה קיבלו אזרחות ישראלית. בהם יש מי שמנהלים מאבק לשמר את הזיקה ההיסטורית שלהם ליישובי המקור, כמו ערביי אום אל-פחם, שעורכים מדי שבוע עד היום אירועים בשטחים השייכים לקיבוץ מגידו, היכן ששכן לפני מלחמת השחרור הכפר לג'ון, עיירה שהייתה מרכז היסטורי עוד מתקופת הרומאים, ותושביה נטשו אותה במלחמת השחרור, לאחר שכוחות הפלמ"ח פשטו עליה ופוצצו מבנים.
התוצאה של מלחמת השחרור הייתה מהדהדת. צה"ל בהנהגת בן-גוריון לא הסתפק בהגנה על השטחים שהיו מיועדים בהסכמת האו"ם למדינת ישראל על פי הסכם החלוקה, אלא כבש שטחים נרחבים שהיה בהם רוב ערבי מובהק. לא הייתה שום אפשרות להחזיק באותם חבלי ארץ אילולא המנוסה של תושבי האזור הערבים. הנרטיב הממסדי של מדינת ישראל בשנים הראשונות פעל להשתיק, מסיבות מובנות, את העדויות על האופן שפעלו בו בגזרות מסוימות לוחמי צה"ל כדי לעודד את מנוסת האויב, לפעמים בהוראה מלמעלה, שנעשתה בדרך כלל בכוונה תחילה ללא תיעוד רשמי, ולפעמים ביוזמה מלמטה של מפקדי שטח.

בסך הכול עזבו, ברחו או גורשו בין 650,000 ל-750,000 ערבים, וכ-400 כפרים ערביים ועוד כמה עשרות נקודות יישוב הוחרבו במלחמה. באותם ימים היה ברור שאין דרך אחרת ללא כיבוש, גירוש והתיישבות. ללא מנוסת הערבים לא היה אפשר להחזיק בנגב ובגליל שהיה בהם רוב ערבי מובהק. לעומת זאת, בחלק מהאזורים, ושם פעלו מפקדים של ההגנה שלא עודדו את עזיבת הערבים מסיבות כאלו ואחרות, היו לריכוזי האוכלוסייה הערבית של הערבים אזרחי ישראל, ולימים למרכזי הלאומנות הערבית. זה לדוגמה היה גורלם של הרי נצרת ושל היישובים בבקעת סח'נין שנכבשו במבצע חירם ומאיימים היום על לב הגליל.
הבחירה ההיסטורית להשתיק או להשכיח את הפעולות שגרמו לבריחה או לגירוש של ערבים במלחמת השחרור נבעה ככל הנראה מסיבות רצויות: מדינת ישראל הצעירה רצתה למנוע לחץ בין-לאומי להחזרת הפליטים ולעיגון "זכות השיבה", ולכן רוב המקרים תוארו "עזיבה מרצון". ואולם במרוצת השנים חשפו גם היסטוריונים ערבים, ואחריהם גם אקדמאים ישראלים ופעילי שמאל מהאגף הפוסט-ציוני, עוד ועוד סיפורים שנועדו להזכיר את ה"נכבה". בישראל גם פועל ארגון שמאל רדיקלי ששמו 'זוכרות', שמארגן סיורים ותיעודים של מה שהוא מכנה "העבר הפלסטיני" של שטחי 1948.
אחת הבעיות שנוצרו בשל ההשכחה הייתה שחיקה הדרגתית של הלגיטימציה לכיבוש, גירוש והתיישבות. אומנם גם במלחמת ששת הימים לדוגמה הורה יצחק רבין לגרש ולהרחיב שלושה כפרים סמוך לצומת לטרון שאיימו על הדרך לירושלים, ועליהם הוקם לימים פארק קנדה. באותה העת גם ברמת הגולן עזבו עשרות אלפים סורים את הרמה לאחר שנכבשה, וצה"ל הרס את מרבית הכפרים הסוריים, אך ביהודה ושומרון להבדיל, ששם לא הייתה ישראל משוכנעת ברצונה להחזיק את השטח, נשארו אזרחי האויב. הדיון הזה נעשה אקטואלי מתמיד במלחמה האחרונה, שבה שב וכבש צה"ל שטחים ברצועת עזה וגם בדרום לבנון ובסוריה.
בפרויקט זה נציג כמה דוגמאות לבהירות שהייתה בעבר לעיקרון של כיבוש, גירוש והתיישבות.
עד הגעתו של אש"ף ללבנון נחשב הגבול עם לבנון לגבול השקט ביותר, אך גם לאחר התבססות אש"ף, ולאחר מכן חיזבאללה, בדרום לבנון, בחמישים השנים האחרונות, שישראל נאלצת להילחם שוב ושוב בלבנון, יש דבר אחד שלא צריך לחשוש ממנו: חיזבאללה אינו יכול לחפור מנהרות ולצאת ביישובים ערביים מעבר לגבול, כי אין גיס חמישי בגבול הצפון, וזה לא קרה במקרה.
מבצע חירם, שצה"ל יצא אליו בתום ההפוגה השנייה, יצא לדרך באוקטובר 1948, ומטרתו הייתה "להשמיד את האויב שבכיס הגליל המרכזי, להשתלט על הגליל כולו ולהציב קו הגנה בגבול הצפוני של הארץ". ערב המבצע היו בכיס הגליל, שהחזיק צבא ההצלה של קאוק'גי, כ-50,000 תושבים. רק כמחצית מהם נשארו אחרי המבצע, ורובם דרוזים או צ'רקסים. בתוך ארבעה ימים שחררו לוחמי צה"ל את מרכז הגליל והגיעו אפילו עד הליטאני.

לאחר המבצע הורה מפקד הגזרה משה כרמל להשאיר חמישה עד 15 קילומטר מדרום לגבול עם לבנון נקייה מתושבים ומכפרים ערביים. כך פונו כפרים ערביים שהיו סמוכים לגבול, ובהם צפצאף, שבשטחו בנוי היום מושב ספסופה, תרביח'א, שעל חורבותיו הוקם היישוב שומרה, וח'אלצה, שחלק מחורבותיו עדיין נראות בקריית שמונה, ועוד עשרות כפרים באזור. את הכפר כאברי למשל, שנכבש עוד לפני כן במבצע בן עמי, פוצצו לוחמי כרמלי בשתי טונות של חומר נפץ, כדי שאיש מתושביו לא יוכל לחזור. הסיפור המפורסם מכולם הוא של היישובים איקרית ובירעם, שגרו בהם נוצרים מרונים. שבג"ץ הורה להחזיר אותם לבתיהם, אך צה"ל במקום זאת הרס את בתי הכפר.
לטענת הערבים, בחלק מהכפרים פעלו הלוחמים לעודד את גירוש הערבים בפעולות שעוררו פחד מצמית בתושבי הכפרים שאירחו את צבא ההצלה של קאוקג'י. באחד המקרים נשפט מפקד פלוגה שהואשם שבכפר חולא (כיום בדרום לבנון) פוצצו בית שרוכזו בו עשרות גברים ערבים מאנשי הכנופיות. מרדכי מקלף, לימים הרמטכ"ל, העיד במשפט: "היו פעולות בהן השמידו את האויב הפוטנציאלי, כלומר אזרחים… הכוונה היתה לגרש. אי אפשר לגרש 114 אלף איש שגרו (בגליל) בלי טרור, והיה צריך להיות אלמנט של טרור התחלתי כדי שילכו”.
עד אחר באותו משפט, מקסים כהן, שהיה מח"ט כרמלי, העיד: "איך מגרשים כפר? מורידים אוזן לעיני כולם לאחד הערבים והם כולם בורחים... ניצחנו רק הודות לפחד שפחדו הערבים, והם פחדו רק מהמעשים שהם לא לפי החוק". תחקיר בעיתון הארץ טען כי אלוף הפיקוד משה כרמל, מפקד חזית הצפון, פקד: "עשו ככל שביכולתכם לטיהור מהיר ומיידי של השטחים הכבושים מכל האלמנטים העוינים. בהתאם לפקודות שניתנו, יש לסייע לתושבים לעזוב".
כיצד הייתה נראית המלחמה בצפון ללא הפעולות ההכרחיות הללו? אפשר רק לדמיין כיצד היה מתנהל תמרון מול חיזבאללה כשבעורף גיס חמישי על הגבול.
המרחק בין רצועת עזה לכפרי דרום הר חברון הוא שלושים קילומטר בסך הכול. בטבח 7 באוקטובר חלמו בחמאס להצליח ולחבור קדימה לחברון, אבל דווקא בשטח שבין רצועת עזה לחברון אין כפרים ערביים. מי שיסתכל על מפת "הקו הירוק" יבחין בקלות בהבדל: חלקו הצפוני של הקו הירוק עמוס בכפרים ערביים בצד הישראלי, כפרים שחלקם היו לערים של ממש: כפר קאסם, ג'לג'וליה, טירה, טייבה, קלנסווה ובאקה אל-ע'רביה, רצף של יישובי המשולש הערביים על הקו הירוק עד ואדי ערה. אז מה קרה שדרומה משם הכול ריק?
האמת היא שזה לא קרה באורח פלא. זו הייתה מדיניות אסטרטגית. על השאלה הזו יש שלוש תשובות: מבצע דני. המנוסה של ערביי בית גוברין וצמצום הבדווים לאזור הסייג.
מבצע דני היה המבצע המרכזי בפרוזדור ירושלים לכיבוש לוד ורמלה וסביבתן, ומפקדי המבצע הקפידו למחוק את הכפרים הערביים באזור ולגרש את תושבי לוד ורמלה. עזרא דנין, יועצו של שר החוץ שרת, הצדיק את ההחלטה: "אם לא נזדרז ונעשה, יעשו בנו כך אויבינו, שאינם נוהגים בעצמם הסתייגות. לו השאירו את בני לוד ורמלה וריחמו עליהם… היה הלגיון עלול לכבוש את תל אביב, ותוכל לצייר לעצמך תמונה כיד דמיונך הטובה עליך".
בתוך יומיים פונו מלוד ומרמלה בין 30,000 ל-45,000 ערבים. הם הועמסו על משאיות למשמר איילון, ומשם עשו את דרכם ברגל לעבר רמאללה. את הפקודה לגירוש ערביי לוד נתן יצחק רבין, שהורה "לסלק במהירות את התושבים מלוד בלא הקפדה על מיון הגילים". בהמשך פנה בן-גוריון לוועדת השרים וביקש להרוס "חלקית" 14 כפרים באזור המרכז: כך נהרסו ג'ימזו (גמזו), כפר אונו ויהודיה (יהוד וסביון), בית נבאלה, שעליו היישובים בית נחמיה וכפר טורמן, וסאפריה, שעל חורבותיו הוקמו צפרייה, כפר חב"ד ועוד.
אבל לא רק בלוד ורמלה, בכל שפלת יהודה פעלו לוחמי צה"ל לדחוק את אוכלוסיית האויב דרומה. לוחמי גבעתי הניסו את תושבי הכפרים באזור רחובות, למעלה מ-5,000 ערביי "יבנא" (כן, היכן שהיום יבנה) נמלטו בקרבות לאיסדוד, בתי הכפר נהרסו והצריח של המסגד פוצץ בהוראת משה דיין. אבל גם באיסדוד לא התירו חיילי צה"ל לתושבים להישאר, הפיקיוד הבכיר הורה לגרש דרומה את ערביי איסדוד ואת הפליטים הרבים שהצטרפו אליהם. אחד האירועים שהשפיעו על מראה מרחב לכיש כיום הוא מה שקרה בדווימה, כפר של 4,000 תושבים ששכן היכן שיושב היום היישוב אמציה בחבל לכיש. היסטוריונים של מלחמת השחרור טענו כי הלוחמים בכפר הרגו עשרות ערבים "בלתי מעורבים", והשמועות על טבח בדווימה, שבתוספת דמיון ערבי הפכו לסיפורי אגדות, התפשטו בכפרים ממערב לחברון וגרמו לבריחה המונית. במקומות אחרים, כמו פאלוג'ה, המקום שהיום קריית גת שוכנת בו, גרם צה"ל לבריחתם של אלפי תושבים למרות התחייבות בהסכם שביתת הנשק להתיר לאזרחים להישאר בכפרים אל-פאלוג'ה ועיראק אל-מנשיה. גם כאן צריך רק לדמיין מה היה קורה אילו כפרים ערביים עדיין היו זרועים בין שדרות לקריית גת.
ומה קרה לבדווים? לפני מלחמת השחרור היו שבטי הבדווים פרוסים על הנגב כולו, ובסוף המלחמה חילקו לפעמים הגבולות הפרוצים שבטים שלמים בין שטח ישראל, רצועת עזה ומצרים. מדינת ישראל ריכזה את הבדווים שנשארו בשטחה ב"אזור הסייג", אזור בין באר שבע לדימונה, כדי להרחיק אותם מהגבולות. אגב, עשר שנים אחרי מלחמת השחרור, לאחר שרוצחים בני שבט סאראחין של מטה אל-עזאזמה, שאנשיו היו אחראים גם לטבח במעלה עקרבים חמש שנים קודם לכן, רצחו את מפקד סיירת צנחנים יאיר פלד בתרגיל ניווט,, הורה מפקד פיקוד הדרום על מבצע הגר" שבמסגרתו פונה הר הנגב מהבדווים, והם נאלצו לעבור לסיני.
ויכוחים רבים בין ימין לשמאל עוסקים בדיון מדוע החליט השמאל להפוך את מה שמכונה קווי 67' לקו פרשת המים, אף שערביי הרשות הפלשתינית מצהירים מעל כל במה ובכל דרך כי מטרתם היא חזרה לתל אביב, לחיפה ולעכו. מהסיבה הזו הפך הכפר שיח' מוניס, שעליו הוקמו שכונת רמת אביב ואוניברסיטת תל אביב, לאייקון של הוויכוח.
אבל שיח' מוניס אינו הכפר היחיד שהעיר תל אביב יושבת בשטחו. יושבי תל אביב זכו לגרש ולהוריש שטחים שעליהם כפרים ושכונות של העיר יפו שתושביהם הערבים נסו או גורשו במלחמת השחרור כמו סלמה וג'באליא.
הכפר שיח' מוניס ישב מצפון לתל אביב, והתיישבו בו פלחים מצרים שגרו במקום בערך 120 שנה לפני מלחמת העצמאות. תושבי הכפר, שהתגוררו בו כאלפיים ערבים עד להקמת המדינה, נחשבו לאמידים והיו בקשרים טובים למדי עם היהודים. לטענת הערבים, הכפר נכבש על ידי ההגנה למרות סיכום מוקדם של תושבי הכפר, שפחדו לתת לכנופיות לפעול בו.

בכ' באייר תש"ח ערך ארגון לח"י, לוחמי חירות ישראל, את המסדר האחרון והגלוי של הארגון במחנה רמת יאיר, שהוקם בשיח' מוניס. לימים קמה על חורבות שיח' מוניס אוניברסיטת תל אביב, שידועה באג'נדת השמאל שהיא מקדמת.
ערב מלחמת השחרור היה שיעור הערבים מעל 70% מתושבי העיר יפו, כמעט 70,000 תושבים, שהיו אמורים על פי תוכנית החלוקה להפוך למובלעת ערבית בשטח המדינה היהודית. אבל היהודים לא התכוונו להשאיר מובלעת סרטנית שתאיים על תל אביב. השכונה הראשונה שנכבשה ביפו הייתה שכונת מנשיה, כיום פארק צ'רלס קלור שכונת מנשיה ביפו הייתה מעורבת וגרו בה יהודים וערבים. לפי תוכנית החלוקה יועדה שכונת מנשיה להיות בשטח המדינה היהודית, והמקום הפך לזירת קרבות. הבעיה הייתה שהצבא הבריטי הגן על המובלעת הערבית ביפו. בפסח תש"ח החליט האצ"ל לכבוש את השכונה, ובמקביל למתקפה על השכונה שידרו לוחמי אצ"ל ברדיו לתושבי השכונה הערבים אזהרה כי אם לא יברחו, גורלם יהיה זהה לגורל דיר יאסין.
את המתקפה על שכונת מנשיה הוביל עמיחי פאגלין, קצין המבצעים של הארגון, שעוד כונה אז "גידי". מפקד אצ"ל מנחם בגין נשא דברים ללוחמים: "לפניכם אויב אכזרי שקם לכלותנו. מאחוריכם הורינו, אחינו, ילדינו. הכו באויב. לקלוע היטב, לחסוך בתחמושת. בקרב אל תדעו רחמים לאויב, כשם שהוא אינו יודע רחמים כלפי בני עמנו. על נשים לחמול. מי שמרים ידיו לאות כניעה, הציל את נפשו, שבוי הוא בידיכם, לא תפגעו בו". המתקפה על יפו הייתה הכיבוש הראשון של עיר שעל פי הסכם החלוקה הייתה חלק מהמדינה הפלשתינית.
הצבא הבריטי פתח במתקפת נגד, ונהרגו בה 41 לוחמי אצ"ל. המפקד הבריטי מסר לראש העיר תל אביב כי קיבל פקודה להציל את יפו למען הערבים, וכשדרשו הבריטים את פינוי לוחמי אצ"ל מהשכונה הגיב עמיחי פאגלין בפיצוץ בניין המשטרה הבריטית. למחרת, בהסכמה עם הבריטים, העבירו לוחמי אצ"ל את השליטה בשכונה לכוחות ההגנה, ואלו החלו במבצע חמץ.
יש הטוענים כי כיבוש העיר יפו, שכאמור מעבר לקווי החלוקה, גרמה לצבאות ערב להצטרף למלחמה ולפלוש לארץ מתוך הבנה כי היהודים לא יסתפקו בקווי החלוקה. התוצאה הייתה ניצחון מוחץ של היהודים, שבזכות זה הצליחו לכבוש גם את הנגב ואת הגליל.
במבצע חמץ כבשו כוחות ההגנה עוד שורת כפרים ערביים באזור תל אביב. הכפר הראשון שנכבש היה ח'ירייה, ששמו מוכר מהשם של אתר הפסולת הגדול והפארק על שם אריאל שרון, כפר שגרו בו כ-1,500 ערבים עד להקמת המדינה. ערביי ח'יריה והכפר הסמוך סקיה תקפו בתחילת המלחמה את קיבוץ אפעל. על חורבות ח'ירייה הקימה מדינת ישראל מעברה, ולימים התחלק שטחה בין רמת גן לבני ברק.
הכפר הגדול ביותר באזור תל אביב היה הכפר סלמה, שהוקם בערך 350 שנה לפני מלחמת השחרור, וכמו כל הכפרים באזור ישבו בו מהגרים פלחים מצרים. בכפר, שגרו בו כ-7,500 ערבים, התמקמו לוחמים של חסן סלמה, מנהיג הכנופיות שפעל מאזור רמלה, ויצאו למתקפה על שכונת התקווה. כשהגיעו לוחמי ההגנה לכפר בסיום מבצע חמץ הוא כבר היה ריק מתושבים. על חורבותיו נבנתה השכונה כפר שלם בדרום תל אביב.
עוד שכונה בתל אביב שבנויה על חורבות כפר ערבי היא מרכז תל אביב, בין הרחובות אבן גבירול, ז'בוטינסקי וארלוזורוב. שם שכן כפר לא גדול ששמו סומייל, שהתגוררו בו כמה מאות ערבים לפני המלחמה, הם ברחו בדצמבר 1947, בתחילת מלחמת העצמאות, מחשש למתקפה יהודית. ערביי סומייל ברחו בהתחלה לכפר ג'מאסין אל-ע'רבי, ששכן מדרום לירקון וגרו בו כאלף תושבים. על חורבותיו בנויים היום שיכון בבלי ומגדלי אקירוב היוקרתיים, אך מהר מאוד הם הדביקו במנוסה גם את מקום מושבם החדש.
ואי אפשר בלי הסיפור החביב של קיבוץ להבות חביבה, סיפור שממחיש עד כמה נערי הגבעות של היום מתונים לעומת אנשי בן-גוריון.
קיבוץ להבות חביבה, שגרים בו היום אנשי שמאל כמו דובר צה"ל לשעבר אבי בניהו, הוקם על חורבות היישוב ח'רבת ג'למה, יישוב שפונה אחרי תום מלחמת השחרור, כשפעל בן-גוריון ל"פינוי ח'רבות קטנות במשולש וריכוז תושביהן בכפרים גדולים יותר". על שטח הכפר הערבי הקטן הוקם קיבוץ להבות חביבה, אך תושבי ג'למה עתרו לבג"ץ, וזה פסק שצריך להחזיר אותם: "הרחקת המבקשים מאדמותיהם נעשתה ללא כל יסוד חוקי וללא כל הצדקה". אבל הממשלה ותושבי הקיבוץ לא התכוונו לציית לצו של בג"ץ, וזמן קצר לחר מכן פוצצו תושבי הקיבוץ בחומר נפץ את בתי הכפר.
אגב, לא הרחק מלהבות חביבה שוכן מרכז גבעת חביבה, ובו "המרכז היהודי-ערבי לשלום" ו"מרכז גבעת חביבה לחברה משותפת", לצד מרכזים שונים העוסקים בקידום דו-קיום, "חברה משותפת" ועוד. אגב, מעניין לציין כי בדף הפייסבוק של אשתו של מוחמד דראושה, מנהל האסטרטגיה בגבעת חביבה - מרכז הדו-קיום, היה אפשר למצוא פוסטים של תמיכה גלויה בחמאס.