תצוגות הקבע של המוזיאון כוללות מאות מוצגים בתחום היודאיקה, רבים מהם נדירים, בחשיפה ראשונה. בין המוצגים - בתי כנסת של קהילות עתיקות, שופרת, פרטי לבוש מיוחדים לימים הנוראים כמו קיטל, דגלים לשמחת תורה, רימונים לספר תורה, סוכות בגודל טבעי, ועוד. "שפע פריטי היודאיקה המוצגים במוזיאון ישראל מקנה לו את מקומו הייחודי בתחום. מוזיאון ישראל הוא אכן המוזיאון היהודי החשוב ביותר בימינו", אומר רוני פלד, מבכירי המוזיאון.
לעת כזאת כאשר המנהג לשלוח כרטיסי ברכה לשנה החדשה – כמעט תם, רבים יגלו עניין רב בתצוגת כרטיסי שנה טובה ומכתבי ברכה נדירים ביופיים ובסגנונם. באוסף שטיגליץ - 280 פריטים נדירים ובהם תשמישי קדושה, ציורים נדירים, מגילות קלף ועוד. הפריטים נאספו במשך שנים רבות על ידי יוסף שטיגליץ, שעלה לארץ אחרי מלחמת העולם השנייה והתגורר בדירה צנועה בתל אביב. האוסף כולל ארון קודש מקראקוב, מטבעות עתיקים עם כיתוב עברי, תמונת "החתונה היהודית" של מוריץ אופנהיים, חגורה מיוחדת ואבזם ליום כיפור, קערית לאתרוג, ועוד.
תערוכה נוספת המושכת תשומת לב רבה היא – תערוכת ארון הבגדים היהודי. בתערוכה אוסף נדיר של חליפות, בגדי חתן וכלה, בגדי ילדים והלבשה אישית, תצוגה המאפשרת הצצה לתרבותם העשירה של יהודים בקהילות שונות ולהתפתחות אופנות לבוש מגוונות בארצות רבות. בין פריטי הלבוש הייחודיים גלימת הרב הראשי בתורכיה אשר עיצובה מהווה השראה לגלימת הראשון לציון עד ימינו, ועוד.
בתקופת 'בין הזמנים' ביקרו רבים במודל הבית השני, המוצג במוזיאון ישראל, במתחם מיוחד בסמוך להיכל הספר. דגם הבית השני, ששטחו 2,000 מטר רבוע, מציג את מבני ירושלים בימי הבית השני, כאשר גולת הכותרת של הדגם היא בית המקדש. דגם הבית השני משחזר את ירושלים כפי שנראתה בסמוך לחורבן הבית השני, כשהייתה בשיא תפארתה וזאת בהסתמך על דברי חז"ל וממצאים ארכיאולוגיים. להשלמת הסיור בדגם הבית השני – מומלץ מאוד ביקור ב"היכל הספר" שם מוצגות מגילות מדבר יהודה, כתבי יד עתיקים ונדירים וכלים ששימשו את יושבי המערות במדבר יהודה, עת נמלטו מירושלים.
הכתבה באדיבות יח"צ